Struktura instytucjonalna monitoringu lasów wynika wprost z obowiązujących przepisów prawa, ustaw i rozporządzeń. Struktura ta obejmuje:
Instytucje nadzorujące:
- Ministerstwo Klimatu i Środowiska (Departament Leśnictwa i Łowiectwa): koordynuje politykę w zakresie leśnictwa, ochrony lasów i gruntów leśnych oraz łowiectwa.
- Główny Inspektorat Ochrony Środowiska: odpowiada za nadzór i realizację Państwowego Monitoringu Środowiska, którego jednym z zadań jest monitoring lasów. Nadzoruje wykonanie badań monitoringowych lasów na 1222 stałych powierzchniach obserwacyjnych (SPO) I rzędu, wszystkich SPO II rzędu, w tym 12 SPO monitoringu intensywnego.
- Dyrekcja Generalna Lasów Państwowych: zarządza lasami należącymi do Skarbu Państwa. Nadzoruje wykonanie badań na pozostałych ok. 800 SPO I rzędu.
Instytucje finansujące:
- Narodowy Fundusz Ochrony Środowiska i Gospodarki Wodnej: finansuje szeroki zakres zadań w dziedzinie ochrony środowiska i gospodarki wodnej określonych ustawą z dnia 27 kwietnia 2001 r. – Prawo ochrony środowiska, w tym również zadania związane z realizacją Państwowego Monitoringu Środowiska.
- Generalna Dyrekcja Lasów Państwowych: finansuje wykonanie badań na pozostałych ok. 800 SPO I, które nie są objęte finansowaniem ze środków NFOŚiGW.
Instytucje realizujące monitoring lasów:
- Instytut Badawczy Leśnictwa: instytut resortowy nadzorowany przez ministra właściwego ds. środowiska. Od początku programu odpowiada za koordynację merytoryczną i realizację monitoringu lasów w Polsce. W IBL ulokowany jest krajowy punkt kontaktowy ds. współpracy w ramach programu ICP Forest.
- Eksperci i specjaliści: w realizacji niektórych zadań badawczych monitoringu lasów uczestniczą eksperci i specjaliści z różnych jednostek naukowych w kraju. Podwykonawcami różnych specjalistycznych zadań i usług związanych z badaniami monitoringu lasów są również specjalistyczne firmy informatyczne, zapewniające serwis stacji meteorologicznych i aparatury pomiarowo-analitycznej oraz zajmujące się specjalnymi usługami leśnymi.
